Kronecker mask

[ilyamaltsev05]

Implementation of non-complemented mask support in Kronecker product, moved it to GB_kron since transposed A and B input matrices are not needed and bitmap A and B are okay.

MT is built as sparse matrix in same CSR/CSC format as mask matrix M. First iteration over mask counts number of values in each vector of MT, then pointers array MTp is passed to GB_cumsum to get prefix sum in MTp. Second iteration over mask is needed to initialize MTi array of coordinates and actual values in MTx. Later MT is transposed and converted to hypersparse if necessary and passed to GB_accum_mask to transplant its result into C.

Two tests (test226 and test227) are modified to check implementation and pass (with malloc debugging turned off as in testall)

UPD: removed mask from final GB_accum_mask call

[ilyamaltsev05]

Замеры потребления памяти реализацией Кронекера с маской (WIP)

Рассмотрены два вида входов:

• Произведение Кронекера матриц, подобных тем, что
  встречаются в masked mxm PageRank_demo - матрица m-на-1 на матрицу
  1-на-n из единиц со случайной маской подходящего размера.
• Произведение Кронекера некоторых матриц из SuiteSparse Matrix Collection с построенными с помощью LAGraph_Random_Matrix масками.

Замеры сделаны с помощью heaptrack.

1) Вычисление, эквивалентное mxm в PageRank_demo.

Сравнение существующей реализации с применением маски после с новой на примере вычисления произведения Кронекера матрицы m-на-1 и матрицы из единиц 1-на-n. Матрица m-на-1 и маска построены с помощью LAGraph_Random_Matrix. Плотность маски 0,01, матрицы - от 0.3 до 0.08 (для больших m).

Peak memory consumption некоторых входов

input\implementation	default	masked	masked mxm
10x10	2,0 MB	2,0 MB	-
50x50	2,0 MB	2,0 MB	-
100x100	2,0 MB	2,0 MB	-
500x500	2,2 MB	2,2 MB	-
1000x500	2,5 MB	2,5 MB	-
1000x1000	2,3 MB	2,2 MB	-
5000x5000	10,1 MB	8,9 MB	8,9 MB
7500x7500	15,9 MB	4,2 MB	4,2 MB
10000x10000	20,5 MB	5,0 MB	5,0 MB
15000x15000	58,2 MB	11,0 MB	11,0 MB
20000x20000	422,9 MB	193,2 MB	193,2 MB
21000x22000	488,1 MB	222,8 MB	222,8 MB
50000x10000	530,8 MB	241,2 MB	241,2 MB

2) Вычисление на некоторых матрицах из SuiteSparse Matrix Collection

Peak memory consumption входов

input\implementation	default	masked
lap_25 (97 nnz), divorce (225 nnz), mask (density=0.1)	3,1 MB	3,1 MB
lap_25 (97 nnz), divorce (225 nnz), mask (density=0.3)	5,3 MB	5,3 MB
bcsstm08 (1074 nnz), rdb200 (1120 nnz)	21,3 MB	4,8 MB
netscience (2742 nnz), small (3207 nnz)	263,3 MB	116,9 MB